Správné nastavení pracovní doby zaměstnance je pro zaměstnavatele důležitým ekonomickým přínosem. Je však nutné dodržet základní principy zákona při jejím stanovení.
Pracovní dobou rozumíme dobu, v níž je zaměstnanec povinen vykonávat pro zaměstnavatele práci na pracovišti. Zaměstnanci se občas mylně domnívají, že do pracovní doby patří také např. převlékání na šatně nebo příchod a odchod na určené pracoviště v rámci rozlehlého areálu.
Zaměstnanci pracují v rovnoměrně nebo nerovnoměrně rozvržené pracovní době a v různých pracovních režimech, kde je stanovená týdenní pracovní doba odlišná. Dle charakteru výrobního procesu se jedná o jednosměnný (40 hodin), dvousměnný (38,75 hodin), třísměnný a nepřetržitý režim (37,5 hodin). V provozech, kde to organizace práce dovolí (většinou administrativa), je často využíváno pružné rozvržení pracovní doby, které zahrnuje časově volitelné úseky, základní a volitelný.
Pracovní dobu rozvrhuje zaměstnavatel a určí začátek a konec směny. Povinností zaměstnavatele je informovat zaměstnance o rozvržení pracovní doby 2 týdny před obdobím, na které je pracovní doba rozvrhována, nedohodne-li se zaměstnavatel se zaměstnancem jinak. V praxi je tato povinnost ze strany zaměstnavatelů často opomíjena a je tak běžným porušením právních předpisů.
Zaměstnavatelé často při plánování směn nedodržují povinnost zajistit zaměstnancům odpočinek mezi směnami (11 hodin, resp. 8 hodin) a odpočinek v týdnu (35 hodin, resp. 24 hodin). U mladistvých zaměstnanců (dovršení 15 let a dokončená povinná školní docházka) nelze odpočinek mezi směnami a odpočinek v týdnu krátit. Délka směny nesmí přesáhnout 12 hodin, práce konaná nad stanovenou délku směny je prací přesčas. Velmi důležitá v pracovním procesu je i regenerace sil. K tomu slouží například přestávka na jídlo a oddech, která se nezapočítává do pracovní doby. Zaměstnavatel je povinen poskytnout tuto přestávku nejdéle po 6 hodinách v délce 30 minut, lze ji rozdělit na dvě přestávky po 15 minutách. Přestávka na jídlo a oddech nesmí být na začátku a konci směny. U mladistvých zaměstnanců se poskytuje přestávka po 4,5 hodinách práce. Bezpečnostní přestávka se do pracovní doby započítává a lze ji sloučit s přestávkou na jídlo a oddech.
V řadě případů však stanovená pracovní doba pro splnění naléhavých pracovních úkolů nestačí, a proto má zaměstnavatel právo zaměstnanci nařídit práci přesčas, kterou však lze konat pouze výjimečně a z vážných provozních důvodů. Nařízená práce přesčas nesmí činit u zaměstnance více než 8 hodin v jednotlivých týdnech a 150 hodin v kalendářním roce. Práci nad 150 hodin (max. 416 hodin) může zaměstnavatel požadovat pouze se souhlasem zaměstnance. Celkový rozsah práce přesčas nesmí činit v průměru více než 8 hodin týdně ve 26 týdnech po sobě jdoucích (resp. 52 týdnů po sobě jdoucích – se souhlasem odborové organizace). Do práce přesčas se nezahrnuje práce přesčas, za kterou bylo zaměstnanci poskytnuto náhradní volno. Za práci přesčas přísluší zaměstnanci mzda a příplatek ve výši 25 % průměrného výdělku.
Od 1. 1. 2012 bylo umožněno zaměstnavatelům a zaměstnancům se dohodnout, že mzda zaměstnance bude sjednána s přihlédnutím k případné práci přesčas. U řadových zaměstnanců do 150 hodin a vedoucích zaměstnanců v rozsahu 416 hodin za rok. Při kontrolách velmi často inspektoři zjišťují, že toto ustanovení zákona si někteří zaměstnavatelé nesprávně vysvětlili tím, že zaměstnanci „stanoví“ minimální zaručenou mzdu s přihlédnutím k práci přesčas.
Mohou nastat i případy, že pracovní doba pokračuje i do období noční práce, kterou rozumíme práci konanou v období mezi 22:00 – 6:00 hodinou. Zaměstnavatel má za povinnost zajistit u zaměstnanců pracujících v noci, tj. u zaměstnanců, kteří pracují pravidelně alespoň 3 hodiny v noci v týdnu, lékařskou prohlídku, a to dle potřeby zaměstnance, nejméně 1x do roka, případně tehdy, když o ni zaměstnanec požádá, zajistit přiměřené sociální zázemí, přístup k občerstvení, vybavit pracoviště prostředky první pomoci. Povinností zaměstnavatele je vést evidenci pracovní doby, práce přesčas, práce v noci, pracovní pohotovosti. Velké množství zaměstnavatelů tuto povinnost zanedbává a argumentuje tím, že se jedná pouze o „výmysl“ úředníků. Neuvědomují si však, že dokumentace průběhu pracovní doby je důležitým aspektem např. při pracovních úrazech, při splnění povinnosti správné výplaty mzdy a nárokových příplatků, samokontroly délky pracovní doby a doby odpočinku, práce přesčas a práce v noci.